Determina-se que o modelo de governação dos fundos comunitários 2014-2020 seja baseado na existência de um nível de coordenação política e de um nível de coordenação técnica.
O nível de coordenação política será assegurado por uma Comissão Interministerial de Coordenação do Acordo de Parceria, a quem competirá assegurar o alinhamento da aplicação dos fundos europeus estruturais e de investimento com as orientações estratégicas nacionais e comunitárias e a sua articulação com os recursos orçamentais nacionais.
O nível de coordenação técnica será assegurado por uma instituição a criar, a Agência para o Desenvolvimento e Coesão, com atribuições de programação, coordenação, certificação e de pagamento dos fundos da política de coesão (Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional, Fundo de Coesão e Fundo Social Europeu), cabendo-lhe ainda as funções de monitorização, avaliação e reporte do Acordo de Parceria.