O modelo de governação do COMPETE foi estabelecido no Decreto-Lei n.º 312/2007, de 17 de Setembro, que define os modelos de governação do QREN e dos respectivos Programas Operacionais, sendo particularmente relevantes para este efeito (Governação dos PO temáticos), os artigos 31.º, 32.º, 40.º, 42.º, 43.º, 44.º, 45.º, 50.º, 51.º e 56.º.
Compreende três órgãos:
- Órgão de direcção política: a Comissão Ministerial de Coordenação (CMC) do COMPETE que integra o Ministro da Economia, da Inovação e do Desenvolvimento, que coordena, o Ministro da Presidência, o Ministro da Justiça e o Ministro da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior;
- Órgão de gestão: a Autoridade de Gestão, formada pela Comissão Directiva e pelo Secretariado Técnico;
- Órgão de acompanhamento: a Comissão de Acompanhamento.
O Órgão de Direcção Política, a Comissão Ministerial de Coordenação (CMC) do COMPETE, tem como função a coordenação global da execução do Programa, onde se inclui, designadamente, a promoção da participação económica, global e institucional no acompanhamento, a aprovação dos regulamentos, o estabelecimento de orientações específicas, a confirmação da decisão de financiamento para algumas tipologias de investimento, a aprovação de contratos entre a Autoridade de Gestão e os Organismos Intermédios, a apreciação dos relatórios de execução e de avaliação e a apreciação de propostas de revisão e reprogramação.
O Órgão de Gestão do Programa integra a Comissão Directiva e o Secretariado Técnico. A Comissão Directiva foi nomeada pela Resolução do Conselho de Ministros n.º 17/2012, de 14 de Fevereiro e é constituída pelo Gestor do Programa, Franquelim Fernando Garcia Alves , que preside e por dois vogais executivos, Maria Isabel Sanches Matalonga y Planas e Maria da Piedade Brito Monteiro Valente.
Assume, como principais funções, a definição das tipologias de investimentos e acções, a apreciação do mérito e tomada de decisão de financiamento sobre projectos, garantir o cumprimento dos normativos legais aplicáveis, promover uma boa gestão financeira, assegurar a criação de um sistema de informação que permita o adequado acompanhamento, avaliação e controlo do Programa, elaborar e submeter às entidades responsáveis os relatórios de execução, entre outras.
A Comissão de Acompanhamento é o Órgão de Acompanhamento do Programa, que assegura a eficácia e a qualidade da respectiva execução e que tem como competências, entre outras, analisar e aprovar os critérios de selecção a que os projectos vão ser sujeitos, analisar o cumprimento dos objectivos e metas fixadas para os vários eixos de intervenção, analisar e aprovar os relatórios de execução e os resultados das avaliações estratégicas realizadas e, caso necessário, propor novas avaliações, receber informação e analisar as conclusões do relatório anual de controlo e apresentar propostas que contribuam para a melhoria dos resultados do PO.Na sequência de protocolos celebrados em 2008, parte das competências da Autoridade de Gestão do COMPETE, nomeadamente no que se refere à análise e acompanhamento das operações, foram delegadas nos Organismos Intermédios:
- Instituto de Apoio às Pequenas e Médias Empresas e à Inovação, I.P. (IAPMEI);
- Turismo de Portugal, I.P.;
- Agência para o Investimento e Comércio Externo de Portugal, EPE (AICEP);
- Agência de Inovação, S.A. (AdI);
- Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. (FCT);
- Ciência Viva – Agência Nacional para a Cultura Científica e Tecnológica (ANCCT);
- Agência para a Modernização Administrativa, I.P. (AMA).