No que se refere ao sistema de gestão, importa salientar que as soluções adoptadas para assegurar a gestão técnica e operacional dos vários Eixos do POFC apresentam algumas diferenças, quer quanto ao grau de intermediação com outros organismos públicos, quer no que se refere ao nível de articulação operacional com os PO Regionais.
Quanto ao nível de intermediação são utilizados no POFC dois tipos de solução:
a) A primeira, com competências de análise, contratação e acompanhamento da execução dos projectos delegadas em Organismos Intermédios, continuando a Autoridade de Gestão a assegurar exclusivamente a competência de aprovação de projectos (caso dos acima referidos SAESCTN, SI I&DT, SI Inovação, SI Qualificação PME e SAMA)
b) A segunda, onde todas as competências são exercidas directamente pela Autoridade de Gestão (caso dos acima referidos SAFPRI, SIAC e Assistência Técnica)
Quanto ao nível de articulação com os PO Regionais, os sistemas de gestão instituídos poderão ser tipificado de acordo com os seguintes modelos:
a) Os sistemas de incentivos às empresas (SI I&DT, SI Inovação e SI Qualificação de PME) são geridos em estreita articulação estratégica e operacional com os PO Regionais; recorde-se que estes sistemas aplicam-se quer ao POFC, quer aos PO Regionais, os concursos de selecção de projectos são articulados, existe uma sede de análise comum de todos os projectos antes da decisão de cada PO, sendo que nos termos da Resolução do Conselho de Ministros n.º 162/2007 de 12 de Outubro, compete à Comissão Directiva do POFC assegurar a articulação da gestão coordenada dos sistemas de incentivos com as demais comissões directivas dos PO Regionais do Continente;
b) Nos restantes sistemas de apoio (outros que não os sistemas de incentivos às empresas) existe articulação estratégica com os PO Regionais através dos mecanismos de coordenação do modelo de governação do QREN, mas não se encontra instituído um sistema permanente de articulação operacional.